《南方，寂寞鐵道》導演蕭菊貞現為清華大學通識中心與人文社會學院副教授，曾以《紅葉傳奇》《銀簪子》連續兩屆獲得金馬獎最佳紀錄片。從年輕到現在為了工作與家人，經年累月下來成為頻繁搭乘火車的常客，開始對火車乘載的人文風情有深刻感受和好奇，希望透過記錄鐵道文化來找到一種閱讀台灣的新視角。她認為：「每次透過火車窗外看到的城鄉變遷，還有與火車上旅客的交會，都是觀察台灣庶民生活的絕佳場域。」。
蕭菊貞導演最初想拍的是「從鐵道文化認識台灣」的主題，但當時資源不足，正當思考著要不要放棄時，不少熱愛鐵道的朋友紛紛推薦她「趕快去拍南迴」。原來2017年時，台灣環島鐵路最後一段電氣化工程，已準備在南迴鐵路啟動。這時要用影像為即將產生變化的鐵道地景和老火車留下紀錄，是稍縱即逝的挑戰，於是蕭菊貞毅然決然帶團隊前進島嶼南方。
南迴鐵路是台灣環島鐵路最後完成的一段，直至民國80年底才通車，相較於日治時期已打下基礎的台灣鐵路運輸系統來說，這段共有38座隧道、全長98.28公里的鐵路，興建過程格外艱辛，穿越中央山脈南段，連結台灣海峽與太平洋，歷經20多年規劃，10次設計改線，興建了11年才完成。這段幾乎全都由台灣本土工程師規劃興建的鐵道，卻留下極少的史料。
《南方，寂寞鐵道》挖掘出南迴鐵路的故事、沿線聚落的變化，以及前線鐵道員不為人知的生死挑戰。像是10分鐘即可穿越的中央隧道挖了10年、客家族群居多的「鐵道員生態」、國王號蒸汽火車第一次行駛南迴鐵路，以及藍皮普快車等舊型列車的身影等等，甚至是南迴沿線車站改建前的車站建築等等。隨著鐵路電氣化工程的完成，片中許多內容和影像都已經成為歷史畫面。
南迴班次少，為捕捉好畫面，攝影團隊經常需要「翻山越嶺1小時，只為拍攝10多秒鐘」。不只列車速度難以捕捉，記錄鐵道員前線工作，也是技術與體力的考驗，例如拍攝司機員值勤，得要擠在狹窄的火車頭幾個小時，都是團隊需要克服的挑戰。為了保存南迴鐵路的紀錄，挖掘出台灣動人的鐵道人文歷史，蕭菊貞即使負債累累仍咬緊牙關完成拍攝。
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