2009年1月13日晚間，2名當舖員工跑到台南市警局第三分局報案，表示當天上午11點，老闆張旭輝打電話通知他們，說要前往海環街一處生產鋼架的工廠，向負責人林文仁討債，對方沒有那麼好搞，所以要求2人等在巷口接應，必要時出手支援，不排除押走林逼債。
不過，張旭輝帶著手下李文麒進入工廠後，就此人間蒸發，2名員工不斷撥打張的手機，卻聯絡不上，一直等到傍晚6點多，他們進入工廠詢問，廠方人員告知：「我們老闆跟張旭輝他們一起駕車離開了。」但直到晚間8點，仍然音訊全無，他們擔心發生意外，才前來報案。
隔天上午，分局偵查隊派人到這家工廠查訪，辦案人員透露，林文仁看來相當老實，他供稱張旭輝有來討債，他償還部分，對方雖然不滿意，但還是拿著錢走了。林還主動交出護照，強調自己不會出境，並告訴警方，他真的與張、李2人的失蹤無關，如果有必要，可隨時傳他到分局做筆錄。
難道真的與他無關？警方很迷惑，可以確定的是，失蹤的2人確實曾到過這間工廠，為釐清疑點，警方在工廠深入採證，希望能找到微物跡證。
台南市警局鑑識科長簡孟輝指出，現場相當乾淨，沒有任何打鬥痕跡，但血跡這東西，洗得再乾淨，都有可能殘留，簡孟輝讓鑑識小組在工廠的辦公室、浴室等處噴上「發光胺」，他解釋，這種化學藥物會讓血跡產生發光反應。
果然，浴室出現大量血跡反應，尤其是水龍頭、洗臉盆、蓮蓬頭這幾個地方更是密集，擴大採證之後，又發現「滴落型血跡」，從辦公室延伸到浴室，此外，辦公室的櫃子也有「噴濺型血跡」。簡孟輝告訴本刊，鑑識人員對於噴濺血跡相當敏感，這種狀況不是槍殺，就是以很猛的力道攻擊人體，血跡才會噴濺得這麼高，他研判，辦公室可能就是殺人的第一現場。
