林智堅的論文案在去年九合一大選期間鬧得沸沸揚揚,他也因此退出桃園市長選戰,專心捍衛清白。他為了洗清嫌疑,數度召開記者會說明論文相關爭議,而余正煌指控,林智堅去年7月24日、8月9日在民進黨部的記者會中,引用指導教授陳明通的聲明,提到是因為余正煌面臨畢業年限壓力,但論文計畫不理想,想要換題目,他才將林智堅的論文資料提供給余正煌,2人的論文內容才會雷同。
余正煌否認林智堅的說法,批林顛倒事實,不僅提刑事自訴指控林違反著作權法,也向台北地檢署控告林加重誹謗。
雙方數度隔空交火,台北地院今年6月安排調解,雙方調解近3小時,林、余更單獨對談40分鐘,最終達成和解,並透過律師發出共同聲明,內容提及雙方已當面充分溝通,化解歧見,林智堅願就台大碩士論文一案造成社會紛擾深感抱歉,並對余正煌及其家人造成諸多困擾深感不捨。
林智堅也在聲明中坦言,過去在媒體上針對余正煌的批評,並不恰當,誠心希望今日雙方調解成立後,雙方之一切回歸正常並順心如意。林同意捐款30萬元給公益團體,余也同意撤告,雙方不再就此案提出任何訴訟。
由於誹謗罪為告訴乃論罪,余正煌撤告後,北檢今將全案偵結,予以林志堅不起訴處分。