儘管股東提出證據，台灣奈微光公司董事長張坤昱、技術長林清富等人委請律師發出澄清稿，仍強調爆料者所言均子虛烏有，該公司並無任何在中國的建廠計畫，聲稱於草創初期，為尋求資金來源以供研發，曾至包括中國在內之世界各地尋求可能資源，並調查相關市場狀況。於此過程，或有可能認識相關政要或業界人士，惟所有往來皆僅止於禮貌及商誼，全盤否認相關指控。
對此，股東A先生再拿出奈微光公司與「深圳浩益量子公司」所簽下的三年合約，合約內容清楚提及：「雙方就長遠發展戰略上考量，決定共同攜手，就矽光子、奈米半導體等領域材料進行合作」等語，且合約有排他性，指定深圳浩益量子公司為唯一「戰略合作夥伴」。
此外，A先生還提出一份出自於「中華人民共和國國家知識產權局」文件，內容是林清富台大團隊以其研發的「光偵測元件」技術，向中方申請專利，時間為2019年3月底，這些資料都顯示台灣奈微光高層早有想把這些關鍵技術轉移中國的打算，且張坤昱等人進行這些動作前，從未與股東們開會討論，或向專利團隊及主管機關報備，卻自稱一切合法，實在很諷刺。
針對指控，國發基金指出，已經請公司盡速對外說明，澄清疑慮。此案若經公司監察人或檢調機關調查，確定當事人有違反法令或損害股東權益情事，國發基金將配合依法求償，以維護合法投資權益。
