國民黨立法委員陳菁徽今於立法院質詢指出，食藥署無法保證市場上沒有問題產品之後，各縣市為自保，宣布校園營養午餐禁用辣椒粉，這樣保護兒童「禁用3個月夠嗎？」，甚至直呼「要不要針對辣椒粉食安事件道歉？」
薛瑞元回應，這與道歉無關「我們都努力去做這件事情，不完被可以再修正」，至於營養午餐部分，因孩童吃辣的習慣不普遍，會尊重地方政府處理方式。
薛瑞元後來接受媒體訪問時說明，辣椒粉事件與其他食安事件性質上或許略有不同，因為源頭是辣椒粉摻有蘇丹紅，然而國人吃辣習慣相當普遍，不可能當辣椒粉查出違禁蘇丹紅就全面停止進口。
薛瑞元提出數據，中國輸入辣椒粉占80%，21家不合格業者就占50%以上，且國內產量不足以供應市場需求，需較為細緻去處理，目前邊境查到不合格就退運銷毀，先前抽查還沒有百分之百時候的還是要讓它進來，不然國內市場馬上短缺。
薛瑞元進一步解釋，事件出來後循線往第二層廠商查，找出有問題批號後不是直接禁止，仍要做檢驗，並釋放合格部分使用，且往下查產品數量越來越多，而一小撮辣椒粉就可能製造很多相關食品，所以查扣、封存量越來越多。
