綜合媒體報導，古醫師21日到宜蘭礁溪某飯店參加醫學研討會，結束後向家人表示想去佛光大學附近走走，但就此沒了音訊。家屬向警方報案，警方在佛光大學附近山區搜索未果，透過監視器畫面追查，發現古醫師在研討會結束後，就獨自搭乘計程車，前往烏石港，買了到龜山島賞鯨的船票，上船賞鯨。
船上的監視器畫面還拍到古醫師身穿救生衣在船頭拍照，只不過該班賞鯨船在同日下午3點多回到烏石港後，監視器卻沒有拍到古醫師下船的畫面，船上只剩下古醫師的背包和名片，而賞鯨船上的工作人員和監視畫面亦沒有發現有人員落水。
海巡人員連日擴大海上搜索，依照賞鯨船路線以及海流方向尋找可能位置，終於在古醫師失聯的第7天早上，在距離龜山島南方約30公里處的東澳烏岩角外海，發現一具男性遺體，身上帶有古醫師的證件，打撈後上岸回到南方澳漁港後通知家屬，家屬悲痛證實，確認遺體身分就是失聯的古醫師。
據報，警方報請檢察官相驗進一步釐清古醫師的死因，經檢方會同法醫相驗後，判定古醫師死因為意外落水溺水窒息，排除外力介入。家屬對此無意見，檢警將遺體發還家屬處理後事；至於賞鯨船工作人員是否未清點上下船人數，造成疏失，尚待進一步調查。
