依據現行《台北榮民總醫院勞工加班管制作業規定》第2項第2點規範，「加班補休以小時計，單位應鼓勵儘量選擇補休，並在加班後1年內補休完畢，不另支給加班費。」洪申翰表示，以上狀況不只在北榮，經辦公室調查，共有7所醫療機構，都是以「小時」為單位計算。包含：北榮新竹分院、北榮蘇澳分院、北榮玉里分院、中榮埔里分院、高雄榮總、雄榮臺南分院、屏東榮總。
洪申翰說：「我們不能讓別人覺得政府相關的事業在帶頭違法啊！這並不是要一個優於法規的待遇！」他舉例，如果有護理人員加班50分鐘，可能形同白做工。此外，依據勞基法，雇主給付勞工工資應計算至分鐘為止，至工作未滿1小時之時間，仍可換算為小時後發給加班費，舉例來說，加班20分鐘應換算為20/60小時計給加班費。
對此，台北榮總院長陳威明表示，目前差勤系統程式調動中，大約6月底會完成改善，經測試無虞後，不只護理師，其他職類也會比照辦理、照顧好員工。洪申翰擔憂，現行規範會讓退輔會的行政管理人員有觸法疑慮。洪申翰要求，其他7所榮民總醫院及分院也需要改善違法規定。洪申翰主張，退輔會須全面盤點轄下所有事業體是否合法合規，包含16家榮民醫院、各個榮民之家、武陵農場等事業體。
馮世寬坦言，他也不贊成違反勞基法規定，這可能有點行政上的疏忽，並非故意違法。他承諾，會馬上來檢討，一併檢視，以勞基法的規定來設定未來的做法，並表示會在3個月內完成盤點與修訂。他說：「3個月以後，委員你要問新的主委了，我會交代下去。」
