若扁認為自己無罪，就要向憲法法庭聲請裁判審查，由大法官決定，或請檢察總長向最高法院提起非常上訴。當然，蔡總統在行使特赦時，也可讓扁的罪、刑全免，不過，如此一來將形成「貪汙無罪」，恐又落入政治的口水紛爭。
幕僚單位研議認為，特赦扁最棘手的難題，在於有「海角7億」之稱的11億餘元不法所得該如何處理，目前因確定案件向法院聲請沒收約3億元已入國庫，尚在查扣中的有8億餘元（包含瑞士政府凍結的約1,000萬美元）僅屬資金凍結，若扁獲得特赦，還未聲請沒收的8億餘元恐將全數發還扁家，加上遭查扣的上億元豪宅、鑽石珠寶等也得解凍，恐坐實總統貪汙及洗錢犯罪可保有犯罪所得的批評，國人怕是難以接受。為此，幕僚單位認為，《刑法》沒收新制應可化解此一難題。
《刑法》已修訂沒收規定，不再把被告主要刑責之外，如資產沒收的處分視為從刑，而是認定為獨立的法律行為，不會因特赦免除其刑，主刑被免除，連帶的從刑也遭豁免；或是案件還在偵審，尚未確定判決，仍可依法單獨宣告沒收。
加上憲法法庭憲判第18號判決也認定沒收新制合憲，法界多數的見解認定，特赦免刑並沒有免除沒收，因此，扁的刑責就算獲總統特赦免除，8億餘元的不法所得依法仍可單獨宣告沒收，加計已沒收的3億元，遭檢方認定的犯罪所得共11億餘元都將聲請沒入國庫，以避免觀感不佳，徒增社會紛擾。
本刊調查，陳水扁在520前一旦獲總統特赦，待總統府正式公布後，會由法務部發函給台灣高檢察署，並檢送法務部製發的特赦證明書，除聲請沒收已查扣的扁家8億餘元不法所得外，也要追繳扁1億5,000萬元罰金。
