扁共涉二次金改及海角7億洗錢等10大弊案，此次是針對已判扁有罪20年徒刑確定的龍潭購地等4大案特赦，仍有二次金改國泰併世華等4案未審結，由法院裁定因扁健康因素停審，相關被告除了阿扁外，還包括前總統府副祕書長馬永成等，依法無法特赦，將留待司法後續審理，馬永成捲入扁案多年，還曾遭收押，在二次金改案中曾遭判刑8年，是目前唯一尚未從官司中脫身的扁幕僚。
根據《憲法》規定，阿扁就算獲得特赦，效力並不及於目前因病停審的四大案件，包括扁珍收受陳敏薰1,000萬元買官賄賂後的洗錢案、二次金改國泰併世華，扁珍收國泰蔡家3億元賄款案、國務機要費扁涉教唆林德訓等偽證案、扁侵占總統府公文案及國務機要費洗錢案。其中，前總統府副祕書長馬永成，在國泰併世華銀行的二次金改弊案，遭二審法院重判8年徒刑，因最高法院發回更審，尚未判決確定，所以也不在此次特赦的範圍。
幕僚彙整各單位的資料，分析此部分不排除承審法官受已確定案件特赦影響，未來若重啟審理，耗費司法資源查證、審判後，扁仍會獲特赦，心證上可能會有直接判無罪的傾向，或認為扁仍在生病中無法出庭而繼續停審。
至於前第一夫人吳淑珍所涉及的南港展覽館、龍潭購地及洗錢等案，遭合併判刑20年確定，因其曾車禍造成下半身癱瘓，法務部矯正署早已判定生活無法自理而拒收，依法本就不用入監服刑，所以並不納入此次特赦的範圍。
而前總統辦公室主任林德訓、馬永成所涉國務機要費部分，因立法院修改《會計法》已除罪化，2人與扁珍均獲改判免訴確定，至於林德訓與馬永成涉偽證部分，均遭判2個月確定，已執行及緩刑完畢，也與是否特赦無涉，但馬永成遭控在二次金改金中協助扁珍收賄，二審曾遭判8年，最高法院發回後由高院更審中，這部分馬永成仍無法脫身。
