藍元昌落網後，被判處20年有期徒刑，剛入獄時，他常夢見自己拿著1把槍，睡醒後發現並非事實，導致心情非常低落。服刑10年後，1998年假釋出獄，但他沒有學乖，重操舊業，先後犯下沙鹿鎮長、埔里鎮長住宅槍擊案，並多次持槍恐嚇、勒索。
2001年2月11日，警方動員數十名特勤幹員，針對台中一處社區展開攻堅，結果意外逮到藍及同夥。
原來，警方掌握另1名槍擊要犯陳志強躲在該社區的1棟別墅，沒想到藍元昌也在屋內，同夥還有另名黃姓男子，當時3人正在吃火鍋，順便等陳的女友回家慶生。
凌晨4點，警方趁陳的女友回家時，拿到她手上的鑰匙、準備突襲，沒想到藍元昌等人非常警覺，立刻對闖入的警方開槍，雙方激烈駁火，連天花板都塌下來。
警匪槍戰一路從樓上打到地下室，員警手持的防護盾牌甚至被藍元昌的步槍子彈打穿，藍與另外2人本來想開車逃逸，但敵不過優勢警力，加上震撼彈、催淚瓦斯攻勢，3人最後紛紛中彈，身受輕重傷。
其中，藍元昌頸部中彈昏迷，被警方拖出時下身只著1件內褲，他醒來時還問警方：「我怎麼還活著？」之後又問：「多少人來圍捕我？」警方回答大概70個人，藍聽後只說1句：「這樣我還有點面子！」
二度入獄被判處重刑，這次他真心悔悟，在獄中勤練書法，甚至還舉辦個人書畫展，頗獲好評，目前還在服刑。值得一提的是，上個月初太陽聯盟精神領袖吳桐潭舉行告別式，藍與另1名前槍擊要犯「穿山甲」詹龍欄聯名致祭，並由詹的兒子現身代表主祭，意外引發黑白兩道高度關注。
