吳怡君表示，因為有服裝設計的背景，起初她被延攬至動畫公司工作，專職角色設計。由於非影視科班出身，她戰戰兢兢，壓力很大，邊做邊學，深知如果跟不上進度，很快就會丟了工作。
入行之初她遇過挫折，因為不喜歡為動畫設計角色的工作，於是主動爭取畫分鏡圖，果不其然，她因毫無經驗，交出去的分鏡圖都不能用，但最大問題不在於她的繪畫能力，「分鏡的精髓不是畫出美圖，而是把故事說清楚，對我來說這是最難的。」
為保住工作，她向同事求救，對方介紹她看一些書籍和影像作品，吳怡君花一整個夏天鑽研，逐漸在業界站穩腳步，累積經驗和知名度。
吳怡君與導演夫婿亞倫泰勒因後者執導的《雷神索爾2：黑暗世界》結緣，從此合作密切。亞倫泰勒不諱言，過往合作的分鏡師中，有些人只在意畫得好不好，而非思考怎麼用鏡頭說故事；又或者防衛心太強，很難共事。
至於有些知名的分鏡師酬勞頗高，可是說故事的方式沒有獨特性，亞倫泰勒也會避免與他們合作。他認為好的分鏡師不僅動作快、反應敏捷，也懂得以鏡頭和動作呈現故事關鍵，而妻子吳怡君便具備上述優點，兩人因此成為工作上的好夥伴，培養出絕佳默契。
