外傳兩岸關係生變之後，中國對於台灣生技產業合作政策已經全面暫停，部分業者申請對岸臨床二期甚至傳出被打回票的消息，對此，國內生技業者表示，目前與中國廠商合作的案子依然正常進行，應對措施也是看中國官方公告為主，對岸官方並未喊停，兩岸生技產業合作暫停的消息不是事實，部分合作案被打回票應該只是個案。
生技廠商表示，目前有很多中國企業到台灣進行臨床實驗，以中國正在進行的醫改來看，臨床實驗基地是非常缺乏的，在這個情形下，台灣對於中國的臨床試驗是有幫助的，對岸如果片面喊停合作案，對中國的醫改並沒有好處，實際的狀況反而是中國比較需要台灣的合作，目前雙方也還有很多合作案還在進行，中國官方也未對兩岸生技業的合作案公告喊停。
業者指出，新政府上台後，兩岸關係的確不太穩，日前安成生技總經理陳志光在接受媒體採訪時甚至表示，該公司申請大陸臨床二期試驗被打回票，因為大陸食品藥物監管總局確定不採認台灣試驗數據，成為兩岸生技合作暫停受害的首例。但消息見報後，安成立刻又澄清表示，並未發生向中國食品藥物監管總局申請臨床試驗遭駁回的狀況，顯示兩岸生技產業合作案暫停應該不是事實。
廠商表示，今年3月5日中國國務院發布國家基本藥物目錄時規定，在2007年10月1日之前准上市的仿製藥，必須在2018年底以前完成療效以及品質一致性評價，未完成的藥將無法販售，這個規定導致289個藥以及兩千多個藥商受到影響，以中國的臨床研究試驗基地來說，根本無法在期限內消化這麼多的一致性評價試驗，因此，目前有很多中國藥商與台灣密切合作，如果兩岸生技產業交流喊停，影響比較大的反而是中國，一時政治情勢變化應該不至於中斷雙方生技業的交流。
