教育部的調查報告中明確指出，共有9篇論文違反學術倫理，而且多屬於圖片數據造假或變造，已經嚴重違反學術倫理，並撤銷52屆學術獎及獎金60萬元；外界關心的台大校長楊泮池共同掛名論文，教育部認定楊泮池未違反學術倫理，但以合作者參與卻未能發現論文造假，尤其是擔任台大醫學院院長期間，已知論文有大量異常勘誤，卻未能警覺調查並採積極作為，有應注意而未注意，必須負起督導不周的責任。
教育部高教司長李彥儀表示，已經收到台大在3月23日發函的公文「楊校長在校務會議清楚且強烈表達今年6月任期屆滿後不再續任，將依相關規定辦理校長遴選事宜。」換言之，台大已經啟動校長遴選程序。
另外，台大也遭教育部扣減5,400萬元的獎補助款，不僅創下頂大首例，也是大學遭扣減的最高金額，李彥儀表示，從95年至今郭明良的研究室總計支領頂尖大學計畫共計2,000多萬元，加重2倍處罰後就是5,400萬元。
科技部的調查報告中明確寫道，郭明良違反學術倫理論文數達8篇，遭停權10年並追回94年至105年間計畫研究主持費154.25萬元；台大醫院教授林明燦則是有4篇論文造假與抄襲，遭停權8年並追回97年至105年間的計畫研究主持費81萬元；台大醫學院教授張正琪4篇論文造假遭停權8年，並追回76萬元；國家衛生研究院副研究員蘇振良則是3篇論文造假遭停權5年，並追回34.5萬元以及撤銷吳大猷先生紀念獎資格。
其餘還有台大醫院副教授譚慶鼎2篇論文造假遭停權2年，台大醫院副教授林本仁1篇論文造假遭停權1年，台大醫院醫師楊卿堯與教授嚴孟祿則是1篇論文造假處以書面告誡。
值得一提的是，科技部這次的調查中，比起教育部的調查還多出1篇論文「JBC2007」，因此科技部的懲處名單中，出現台大醫院醫師楊卿堯與教授嚴孟祿2人。
