大法官認為，現行《民法》婚姻僅限於男女，同性別的兩人無法結婚，違反《憲法》對於婚姻自由及平等權的保障，已屬違憲，應由相關機關在2年內修法，若2年內未完成修法，同性別者可以持大法官解釋文，比照現行男女婚姻規定，至戶政單位合法登記結婚，戶政單位不能拒絕，至於應修正《民法》或另訂專法，大法官認為這是立法空間，應由相關單位決定。
司法院祕書長呂太郎指出，若政府未針對民法修法，聲請人祁家威先生要等2年後，才可以辦理結婚登記，若政府在2年內未依大法官解釋意旨修法，《民法》中關於婚姻的規定仍屬合法條文，但同性別者可以依據解釋文意旨至戶政單位登記結婚。
解釋文指出，現行《民法》第四編第2章關於婚姻的規定，未使相同性別的二人，得為經營共同生活目的，成立具有親密性及排他性的永久結合關係，與《憲法》第22條保障人民婚姻自由及第7條保障人民平等權的意旨有違。
司法院祕書長呂太郎說，有關機關應在今天起2年內，依大法官解釋意旨完成相關法律的修正或制定，至於是以何種形式達成婚姻自由的平等保護，呂太郎指出，大法官認為，這是立法形成的範圍，大法官並未訂下規範，並未要求修《民法》或是另訂專法。
至於其他法律中關於夫妻的規定，如所得稅合併申報、繼承、通姦等規範，大法官是否有加以考量，司法院祕書長呂太郎表示，大法官是針對《民法》中關於婚姻的規定是否有違《憲法》對婚姻自由及平等權的保障進行審理。
