小英政府赦扁的困境之一，是扁家遭查扣的犯罪所得，除國內被查扣市值1億餘元的75顆裸鑽、翡翠等資產，另在瑞士仍約有3億餘元遭凍結未匯回台，檢方多次透過司法互助希望瑞士將錢匯回台，但對方不放行，關鍵因素在於扁的二次金改等5大案停止審判，法院遲遲未判決確定，一旦總統對扁發布特赦或大赦，屆時沒定讞判決書，瑞士依法須把凍結的3億餘元匯還扁家，扁也可領回75顆裸鑽等珠寶。如此一來民意反彈可能會很大，不僅有損司法威信，也傷扁並重創蔡政府。
知情人士指出，就在扁出席5月19日凱校餐會後不久，行政院洗錢防制辦公室完成一份扁家海外資產清單，送到檢察總長顏大和及行政院相關幕僚手中，資料顯示，扁家因洗錢遭瑞士凍結本金約12億餘元，經過多年孳息，已達近13億餘元，其中因扁有龍潭購地等案已判刑確定，經我方提出法院確定判決書，瑞士已匯還我國9億多元，剩下3億餘元仍凍結中。
法界人士透露，瑞士處理本案的原則是，只要我國提供有罪定讞的判決書，證明遭扣押的錢是洗錢及貪汙等犯罪所得，款項即匯交我國。今年初走入歷史的特偵組，先後以陳水扁、吳淑珍在龍潭購地收賄等案已遭判有罪確定，合併執行20年徒刑定讞的判決書，向瑞士聯邦法院聲請匯回，因判決書提及扁收賄金額約9億餘元，瑞士聯邦法院已將其中9億多元解凍，匯回檢方指定專戶保管。
至於扁家海外帳戶仍有3億餘元無法匯回，檢方原本盤算是，等二次金改國泰併世華及國務機要費等5大案判決確定後，再循之前模式辦理，但2015年扁因病保外就醫後，五大案隨之停審，檢方原本有意依前年《刑法》修正沒收新制，單獨針對不法所得向法院聲請沒收，獲准後再向瑞士要求返還「犯罪所得」，不用等扁有罪確定，但瑞士顯然不同意，遲遲沒有回應。
府院相關幕僚認為，依現行法律，不管特赦、大赦或減刑，都會碰到難題，其中最棘手的是，扁家在瑞士還有3億餘元遭凍結，國內也有75顆裸鑽等資產遭扣，一旦扁獲赦免，因為沒有法院確定判決，依法均得還給扁家，屆時恐引起民意反彈。
