吳清友的愛子吳威廷比妹妹吳旻潔更早進入誠品，選擇跟著叔叔吳明都學餐飲，在妹妹升任副總的同時，他也是集團內好幾個咖啡廳的店長。吳清友曾經欣慰地對友人提及，吳威廷學餐飲很快樂、能發揮專長，相對精明的吳旻潔也進入管理階層。
2009年5月，吳威廷猝死，了悟生死的吳清友，也不免因痛失愛子，近年變得更為低調，後來是靠著宗教信仰才走出來。
吳清友與妻子洪肅賢兩人信仰藏傳佛教，是卡盧仁波切的信徒，卡盧仁波切是藏傳佛教噶舉派的上師，亦是香巴噶舉傳承的持有者。夫妻晚年遭喪子之痛，更沉默低調，還好靠宗教信仰度過人生低潮。1983年洪肅賢創立台北噶舉佛學會，拜卡盧仁波切為上師；1987年，卡盧仁波切受邀來台傳法，成立「佛教利生中心」，除了台北道場，還有石碇「達香寺」閉關中心與金山的金法林寺。
2002年5月，殷琪送吳清友英文版的《達賴新經》（Imagine all the People），他閱讀後內心深受感動，後來發現該書作者竟然是卡魯仁波切1980年在巴黎傳法時，當晚即皈依的有緣人，讓吳清友心中倍覺親切，後來還摘錄書中片段在主管會議中與同仁分享。
後來，吳清友在一場活動中說明了他與卡魯仁波切的因緣，「1988年5月，妻子的上師卡魯仁波切最後一次訪台離去前，預知我當年有大障礙，除主動明示6月後的傳法行程外，並叮嚀保持密切連繫。在獲悉我發病後，仁波切於是年11月27日午後在印度菩提伽葉，帶領近千位喇嘛在一年一度的祈禱法會中，特地為我隔日歷經5小時的心臟手術修長壽法，保祐我重生。隔年夏天，上師圓寂，而第二世永希卡魯仁波切於1990年9月轉世。達賴喇嘛於1992年3月28日正式認證。今生今世，卡魯仁波切是我心中永懷無盡的感恩。」
原來吳清友1988年11月心臟病發後，卡魯仁波切特別在手術前一日，帶領近千位喇嘛在印度菩提伽葉一年一度的祈禱法會中，為吳清友祈福共修長壽法，保祐他得以重生，從鬼門關走一回的吳清友，由於生命經驗歷經如此刻骨銘心的遭遇，從此成為虔誠的皈依弟子，並對密宗及達賴喇嘛的許多精闢見解，頗能深刻體會、認同與誠願信服。
