成立於1989年的誠品書局，初期專賣藝術與建築類書籍，並首創有別於同業的24小時營業模式，成功營造特殊的書店文化，也因此受到許多文化與藝術界人士的肯定。
為了堅持舒適的書店文化，吳清友甚至不計成本要求誠品的建材、裝潢品質必須具備五星級飯店的一流水準，因此，走過28年歷史的誠品，光是虧損就辛苦的撐了15年。其間，歷經數波股東大淘洗，包括國巨董事長陳泰銘、宏碁創辦人施振榮與高鐵董事長殷琪，都是誠品來了又走的股東。
其中，陳泰銘抽資後雖然對誠品致上祝福，卻也曾對媒體坦誠：「誠品是我不願面對的賠錢投資！」在誠品最低潮的時候，連辦個尾牙，都被股東拿著麥克風當場揶揄：「在我印象中只有賺錢的事業才有尾牙，不知道誠品怎麼敢花這個錢？！」
「多虧了吳董的堅持，如果他沒有撐過那些關卡，台灣不會有誠品這個文化風景！」多年力挺吳清友的股東、和碩董事長童子賢說。
2000年，誠品成立流通事業部，將營業項目擴大到餐飲食品、用品、設備通路銷售，並將低價向地主承租的大樓，書局用不到的地方，以較高的價格轉租給專櫃廠商，至此，吳清友才找到誠品獨特的獲利模式。
2005年，誠品將獲利的誠品商場獨立為誠新，並將書店與商場共存的模式擴大到信義旗艦店等其他地方，2009年再將誠新更名為誠品生活，在不斷複製誠品生活的獲利模式後，吳清友因此從連虧15年的浪漫文化人，變為一個成功的商人。
