監察院認為，行政院農業委員會林務局輕忽阿里山森林鐵路沿線環境特殊，常有林木傾倒或土石滑落紀錄，未依鐵路法相關法令排除妨礙鐵路行車安全危險林木，更未訂定鐵路周遭林木檢查、監測及伐剪機制，糾正行政院農業委員會林務局，並要求交通部一併檢討改進。
監委調查報告指出，本案應檢討改進的有3項缺失：
- 林務局對阿里山森林鐵路之朝巡作業時間短促，且目測注意涵蓋範圍未明確規範，人員教育訓練也應檢討改進。
- 阿里山森林鐵路路況陡峻及環境複雜，林務局應依相關作業規定及交通部之建議，積極強化危險路段之列車跌落防護預防措施，以減少事故時人員或設施之損傷。
- 交通部未注意阿里山森林鐵路沿線林木可能造成之危害，即同意神木及祝山支線通車，對於阿里山森林鐵路之臨時監查，顯未周延。
阿里山森林鐵路享譽國際，通車超過百年，官方從2008年6月將阿里山三合一BOT案交付民營後，不但小火車多次出軌、司機員罷駛，民間環保團體也群起攻之，認為BOT案，居然要在阿里山森林遊樂區興觀光大飯店，卻連環境影響評估都未過關，就想強渡關山，由於風波不斷，官方決定收回經營權。
林務局收回小火車經營權後，交由台鐵來協助管理，2013年5月1日上路第一天，就推出了森林小火車套票，上面還印著阿里山風景跟小火車的照片，吸引一堆火車迷搶購，阿里山鐵道風采成為最大賣點。
