檢方也循線追查發現，2005年12月24日，余建新旗下的榮麗投資與國民黨的中投簽訂購買中廣、中視及中影等三中的華夏投資公司股權，總價金為新台幣40億元，同時承受華夏53億元負債，便取得市價百億元的三中，國民黨是否涉及背信罪，成為檢方一併調查的重點。
第二個疑點是，國民黨為了刻意突顯40億元交易合理，還故意製造交易，以三中交易過程，中投當初用38.25億元買華夏股權，拿來比價。奇怪的是，中投唯一股東是國民黨，華夏唯一股東應該也是國民黨，這應該是子公司與子公司的買賣，屬內部轉帳問題，國民黨怎會用對外交易的價格來處理。
第三個疑點是，中投機密報告提到的中影三大不動產交易價差5.5億元，但這項說法非常不合理，因為蔡正元當時跟時任行管會主委張哲琛及中投總經理汪海清等人洽談，價差已達50億元以上，如果只有5.5億元，何需有回饋機制，國民黨的報告數據明顯短少造假。
此外，由於時任總統的馬英九曾提出「大故宮計畫」，以帶動外雙溪一帶發展，一旦開發成功，勢必讓郭台強的中影成為金雞母，價值翻漲數倍。
第四個疑點是，這份報告裡提到「中影股權（價）65元是郭台強出的價」，這與事實有出入，因為中影交易都是由蔡正元在談，然後再向買家報告，國民黨的這份報告似乎掩蓋利潤回饋金，故意把回饋金說得很少，讓65元股價變得很合理。
檢方也根據黨產會最新調查發現，當時中影以每股65元賣出的價格偏低，嚴重低估中影資產，涉及賤賣，因為包括「中影每股淨值」「類比公司淨值調整數」「股價調整數」等計算方式皆有瑕疵，連中影會計師林寬照都向黨產會直言，中影股價鑑價計算方式有問題，嚴重低估中影公司的土地價值。
第五個疑點是，時任中投總經理的汪海清曾對外說：「郭台強是大富翁，不會吃國民黨，蔡正元不是富翁，才可能吃國民黨。」但現在看起來，讓利潤回饋金蒸發消失的反而是郭台強，汪海清當初為何要如此說，意圖有待釐清。
