馬英九說,整個事件的發展非常離譜,教育部如此的違法濫權,踐踏《大學法》「大學自治」和「依法行政」的精神 。今天教育部對台大可以這樣,對其他學校也會這樣,大學教育要怎樣過的下去,這是全體國人的課題,不只台大而已。
針對教育部長吳茂昆說「學術沒有真正的民主」,馬英九表示,再這樣硬拗下去 ,台灣真的沒有前途了,即使近百年前的北洋政府都沒有這麼專斷跋扈,我們這個政府怎麼可以這樣?而且政府裡這麼多台大校友,他們怎麼做得出來?
管中閔準備連署促教育部退出政治干預,並上訴要求釋憲。馬英九說,教育部用這樣的方式不止打擊管中閔,而是踐踏制度、傷害價值,這是最不可原諒的一點;教育部有違法的地方,上訴是管的合法權利。