張懋中強調，他深感近日大學校長遴選爭端不斷，已加劇校園內部及社會對立，嚴重不利台灣學術發展，故日前基於重視台灣高等教育發展之初衷，並為落實交大肩負培育優秀學術先驅人才之社會責任，以交大校長身分致送師生及校友的一封信中提及「我國應儘速推動公教分離、國立大學法人化」等理念。
不過，有網友據此於批踢踢實業坊網站（下稱PTT 網站）發表多項不實指稱，並經媒體轉述報導，已嚴重詆毀交大校譽及本人名譽，應有澄清以正視聽之必要，謹說明如下：
以下是張懋中聲明全文：
一、本人向師生及校友提及「我國應儘速推動公教分離、國立大學法人化」等理念，目的係因思及臺灣高等教育如要創新發明、多元發展，須落實大學之法人化，始得真正解放大學能量、提升學術競爭力。以目前教育部與各大學之間的監督關係，長期下來可預期各校將難以發展特色，此將使臺灣完全失去競爭力，因此倡議應把握此契機，積極建置國立大學法人化、加速推動及落實權責相符之機制，方能「同行致遠」（ACT together, we go far！）。本人係對於大學自治之「制度面」及「認責度」重新規劃及落實而為建議，有心人士曲解本人原意，並以此詆毀交大及本人之聲譽，令人深感痛心。
二、關於網友於PTT 網站不實指稱本人自擔任交大校長以來涉及多項校內治理爭議，並經媒體轉述報導，本人嚴正聲明均非屬事實。本人就校內相關治理事項，皆係本於「同行致遠」之理念，遵循法令與本校規章行事，並無涉及任何不法，更無忽視各院所專業或從中牟取個人或家庭之私利等事實。
三、言論自由固為現代文明法治國家重要基本權利，惟言論自由非屬絕對，我國憲法雖明文保障個人有發表或不發表言論之自由（憲法第11 條），但也明文保障個人之名譽、隱私、人格權利不受他人侵害（憲法第22 條），就網友於PTT 網站之不實指稱並經媒體轉述報導部分，本人深感遺憾，為求保護交大及本人之名譽，保留相關民刑事責任訴究之權利，爰予聲明如上。
