吳茂昆一開始就表明，絕對沒有干預大學自治，我們做出駁回台大校長遴選結果，確實有掌握到違法事證，而且檢視過諮詢小組的所有資料，管教授確實有適法性上的問題，因此我們退回結果讓台大遴選委員會依照他們的責任重啟遴選，如果台大堅持不重啟遴選，那就會檢視大學法架構下，研究該如何後續處理，是否要解散？這還要進一步研究。
對於外界質疑這是政治力的介入，吳茂昆否認，並表示，做這件事完全沒有政治考量，在我接任部長的這十幾天時間，總統與行政院長都沒有跟我談過台大這件事，僅有行政院政務委員指示我要推動學生節能概念，並把節能習慣帶回家庭，以及改善校外教學現狀，讓更多偏鄉學生可以到都市多認識台灣，除了這兩件事外，沒有其他指示。
吳茂昆話鋒一轉，台灣的大學自治這麼多年來，大學法規定校務會議主席是校長，這個問題當我在東華大學擔任校長時就覺得很奇怪，因為校務會議是監督單位，但校長卻是主席，這就好比行政院長又兼任立法院長，因此未來工作重點將會重新檢視大學法，進行通盤的檢討。
吳茂昆強調，台大在遴選這件事也是一樣，遴選委員會接受校務會議委託，教育部基於監督職責退回遴選結果後，應該也要由台大校務會議正式召開會議討論怎麼處理後續問題，這才是大學自主，回歸教育基本精神。
