檢調接獲檢舉，由於離島航線冷門，業者憑機票收入難以支撐營運，交通部為照顧離島偏鄉居民，並鼓勵航空業者分擔飛航任務，訂立《大眾運輸事業補貼辦法》，編列預算補貼飛離島的航空公司，只要航線虧損會核發補助。
檢調查出，從2005年起，德安航空每年獲得補助款超過1億元，加上每年的獎勵金約1000萬元，十多年下來，已領到超過10億元。
不過，德安航空呈交民航局的補貼計畫，有大量的維修支出，稽核人員實際到德安的維修機棚查核，卻沒看到申報項目在執行，還有多筆款項流向海外待比對勾稽，檢調搜索德安台北總公司、台東機場及高雄小港機場內的營運維修站等8處，並約談郭自行及財務長等8人，全案朝詐欺等罪嫌方向偵辦。
德安航空經營蘭嶼、綠島、七美、望安等5條離島航線，去年載客人數逼近10萬人次，粗估5條航線機票現金收入就有1億元，詐領補助真相為何?有待檢調追查。
