檢方起訴，蔡正元任職阿波羅公司負責人時，利用中影股權交易機會，與妻子洪菱霙及岳父洪信行涉侵占阿波羅公司信託款2億餘萬元，3人均否認犯罪，蔡正元還說，北檢將三中案全案重新調查羈押他時，原是指控他侵占中影減資款，延押庭時，又變成要查他領航基金會的錢，但起訴時非但沒有中影的影子，又變成侵占阿波羅公司的資產。
今天出庭的6被告，蔡正元是唯一被羈押滿4個月者，本刊調查，讓馬英九遭重罪起訴的關鍵錄音檔，是蔡羈押期間經蔡正元提示由檢方循線搜出，這些未曝光的錄音檔，也成為檢方重罪起訴馬英九的關鍵證據，蔡正元日前曾感嘆，幸好有這些錄音檔，還原了當時三中買賣的細節及決策過程，也間接證明了他的清白。
蔡正元今向法官說，自己是在中影公司遭掏空時出手救中影，檢方多年曾兩度就中影減資款案部分作出不起訴處分，卻又在去年他母親忌日到他家中搜索，後來還以侵占中影減資款為由，向法院聲請當庭羈押，後來還以他另涉及公益侵占罪延押2個月，但最後卻以侵占阿波羅款項起訴，與中影減資款毫無關係。
蔡正元怒批檢察官是為羈押而羈押，為起訴而起訴，他也指控檢察官在他羈押期間雖多次提訊他，卻是要求他以證人身分為馬英九的三中案作證，蔡正元說，檢察官這種以辦甲案羈押他，卻是為乙案取證作法，儼然是回到明朝東廠的司法水準，還害他至今遭限制出境，無法出國探視生病的女兒。
