至於同運團體提出的「修民法保障同志建立婚姻關係」「國中小實施性平教育」及前國手紀政等人發起的「東京奧運正名」等3案則未過關。
其中，婚姻平權兩案，不同意票多於同意票300多萬張，顯示推動同婚仍有一段路要走；東奧正名案不同意票多於同意逾百萬票，極可能與選手擔心無法在國際賽會參賽有關。上述3案依法2年後才能再提，勢必趕不上2020年總統大選，但仍可在2年後捲土重來。
行政院發言人Kolas表示，幸福盟提出的公投案過關，行政機關將在3個月內提出保障同性婚姻的專法草案送交立法院，立法院則需在下個會期休會前完成審議程序，但立法院是否會通過專法或立委自提版本修民法，屬於立委職權，行政院會予以尊重。對於性平教育公投過關，Kolas也說，將請教育部重新審視相關內容。
至於以核養綠案過關，Kolas表示，政府推動2025非核家園的目標不變，因核電廠在除役期限前5到10年，必須提出延役申請，實務上已不可能讓核一、核二與核三廠延役。如果明年重啟核四，6年後即2025年，非核家園目標已達成，屆時已不需核電，核四已無商轉必要。
其他包括反空汙、反核食及反深澳電廠等公投案皆過關，Kolas表示，改善空汙與維持穩定電力是行政院的原則，將請經濟部在確保供電無虞下，努力達成每年降低1％火力發電的目標；停建燃煤電廠部分，行政院長賴清德已宣布停建深澳電廠，公投結果與政府的施政方向一致；反核食案行政院會請衛福部依公投法規定，在食品安全前提下，繼續對日本食品進行查驗，讓民眾吃得安全、安心。對於東奧正名沒過關，Kolas則說，尊重公投結果。
根據上述行政院說法，政府花了15億元公投，到頭來，連具有法律拘束力的以核養綠案，政府也不見得照單全收。律師呂秋遠在投票前幾天即表示，這場公投案像是一場大型的民意調查，「如果通過，政府會考慮。不通過，政府也不見得不考慮。」
呂秋遠說，這次公投案，除了第16案的以核養綠案外，其他的提案，政府要做不做，頂多只有政治責任，沒有法律責任，經過辛苦的連署、辯論與投票後，最後得出的結果就是供政府參考之用。
呂秋遠認為，所以審慎考慮你手中的選票，告訴政府你在想什麼，但是不必過度擔憂，因為這一切就只是費用高達15億元的民意調查而已。不過，他也認為這是一場無價的公投，畢竟在過程中，大家可以表達自己的意見、提出個人的看法、與親戚朋友及陌生人討論或思辨，最後做出決定，這是一個培養理性公民的最好過程，這也是公民投票最重要的意義。
