此次大選綁公投，問題一籮筐，可歸納5大缺失：
一、投票議題多、排隊人潮無法消化
由於今年大選綁上10個公投案，不少選民在投票前對公投案未研究，投票時猶豫不決，考慮太久，導致每位選民平均耗時遠遠超出中選會預估的70到80秒，有人甚至在投票處研究公投票長達近10分鐘，加上中選會宣布選民在下午4點前排隊都可投票，導致一邊投票一邊唱票的亂象發生。
二、公投圈票處不足
本刊觀察，各地投開票所原本只準備2到3個公投圈票處，但10項公投案議題多，導致民眾圈選時間拉長，造成大排長龍，不少人都排隊超過1小時才投到票。
三、選務人力不夠
本刊調查，各地選委會在9月公聽會時，已反映人力招募不足是辦理此次選舉的最大困難，雖然中選會宣布招募到29萬5904名選務人員，比過去總統大選還多得多，不過，由於這次公投票多，加上開票過程攏長，也讓不少選務人員累到哇哇叫。
四、中選會對公投案的宣導不力
中選會在選前雖然針對公投案舉辦辯論會，各家媒體也紛紛推出懶人包說明，但很多民眾仍普遍對於公投內容不了解，即使領到選票，還在圈選處看了好久，讓排隊民眾頗不是滋味。
五、公投連署及意見書公告爭議
依照《公民投票法》規定，行政院針對各案意見書，需編印公報，且在投票日前２天送交選民，這次公投從連署之初，爭議不斷，除爆出死亡連署外，還有「二次收件」爭議；直到公投成案後，中選會原本在法定投票前28天的10月24日公告意見書，但行政院修改意見，中選會又在11月2日重新公告內容，引發下一代幸福聯盟、國民黨質疑程序有問題。
最後最高行政法院裁定，中選會11月2日公告無效，迫使中選會撤銷其中7個公投案的重新公告，緊急登報刊印原來10月24日的意見書，外界也質疑是否違法，監委已主動立案調查是否影響選舉公平性。
