陳英鈐在記者會先向民眾和選務人員道歉，強調會擔起所有責任。雖然公投可直接展現民意，但投票過程龜速，亂象橫生，很多選民須排隊1個多小時才能投完票，顯見中選會事先表示，每人投票時間約在1分半左右完成，根本是錯估形勢。
加上中選會宣布下午4點投票截止前排隊的民眾都可投票，不少選民邊看開票邊投票，恐影響選舉結果，投開票作業更是到翌日凌晨3點多才完成，創下台灣選舉史上最離譜的紀錄。
投票過程混亂，面對各家媒體追問，中選會不但從投票日下午3點起「已讀不回」，主委陳英鈐在中央選情中心也一度消失、拒接手機，甚至有記者前往長官休息室要求說明時，中選會人員見狀竟鎖門，毫無打算要回應外界。
角逐台北市長的國民黨候選人丁守中首當其衝，以3,254票的些微差距落選，質疑中選會藉此操作棄保，氣得連夜向台北地院提出選舉無效之訴，中選會主委陳英鈐成為頭號戰犯，25日凌晨3時50分左右宣布選舉結果，他向全國人民致歉，當天下午4點請辭獲准，成為民進黨敗選，首位下台的官員。
