《疑霧公堂》主場景選在台中霧峰林家宮保第園區內，宅邸建築保存完整，但當年斬殺林文明的彰化縣衙門舊址早已毀壞，劇組最後另覓彰化和美鎮的道東書院。書院是標準閩式四合院，面積約2,500坪，門廳、正殿寬敞有氣勢，成為理想拍攝地點。
令人吃驚的是，道東書院在日治初期，因無人管理日漸荒蕪，戰後災民湧入當臨時住所，竟一路安然無恙，即便921地震受到部份損傷，2001年在地方及文史團體努力下整修，被劃入國定古蹟，才有今日的完整建築樣貌。
另外，《疑霧公堂》中林家仇家林應時的家，選在彰化南瑤宮附近取景，鹿港文武廟則做為當年福建布政使司衙門場景。除找景問題，還要克服環境狀況。週圍高樓入鏡靠後製特效去除；拍攝中因遇飛機、垃圾車經過發出的噪音，所以採事後配音取代現場收音，增加不少製作成本。
首次擔任製作人的陳思宇認為，好劇本、好故事是關鍵，「《疑霧公堂》相較其它題材，難在歷史背景，怎樣讓觀眾快速進入當年的時代背景，對觀眾是一道門檻，也是我們要思考和磨練的。」他並樂觀表示：「每個歷史劇、時代劇都會遇到一些狀況，以後團隊做下一部戲時，這些經驗就會變成我們的優勢。」
