其實國安單位藉著總統專機挾帶私菸，並非蔡英文上任後才發生的現象。依據華航最新公布資料，透過總統專機大批購菸的歷史，可回溯至2006年陳水扁執政時代，其後再經過馬英九、蔡英文兩任，總計26次出訪，合計共購逾4.2萬條菸。可見此事不分藍綠由誰主政，已經成為「歷史共業」，如今既然被檢舉認定涉及違法問題，就應斷然處理，避免同樣的弊案再次發生。
蔡政府面對社會的強烈指責，並未坐視不管。在事件爆發當天，國安局局長彭勝竹請辭獲准，改由退輔會主委邱國正接任；總統府侍衛長張捷也立即調職，上週六進一步針對特勤人員管理督導缺失，將7位將校記大過處分，且後續還有第三波懲處名單。蔡總統展現非常明確的態度，就是有錯即改，有漏洞即補，斷絕未來再發生的可能。
雖然蔡政府的動作已經很明快，仍有媒體及在野政治人物抨擊推拖拉。事實上，本案涉及的國安局，其業務屬性攸關國家安全的維護，除了國家領導人的保護，還有許多機密情報的掌握，相對其他政府單位本來就較為敏感，人事處理向來就需要謀定而後動，不能以一般標準衡量。
倒是蔡總統面對此事應該特別注意，特勤人員參與免稅菸的購買，一定都是總統出訪時間確定之後，由特定人負責出面找有意願購買者登記及收費。當購菸數量已膨脹達數千或上萬條時，就不會是少數人參加而已，惟這樣的資訊竟然未被高層主管事先掌握，又欠缺可能已構成違法的認知，早一步發出預警，終致釀成喧騰社會的事件，顯見這個本應是全國情報最靈通的機關，必須立即展開全面性的改革，絲毫不能再加蹉跎。
至於另外一個涉及本案的中華航空公司，雖然只是擔任配合的角色，面對外界強大的質疑壓力，剛開始華航董事長謝世謙還不願積極處理，直到交通部長林佳龍下達嚴厲警告，才終於和盤托出實情。其中最受社會矚目的，在於華航本身的高階主管及附屬子公司的董事長，絕大多數安排曾擔任縣巿長、立委或各地議員的民進黨籍人士出任，而屬於新潮流系統者所占比重竟然最高。
這種現象其實非華航獨有，而是多數公營事業普遍被詬病的狀況。蔡英文剛上任時，選才以專業背景為考量，遭到綠營部分人士指責是「老藍男」當家，後來隨著時間逐漸改變，卻在調整中給予特定派系安插自己人、擴增勢力的機會。蔡總統上任以來，投入極大心力在公共政策規劃，卻忽視甄才、用才、養才是她領導國家同樣重要的責任，亟需她寄予更高的關注。
