因是蔡英文農業政策的召集人，在林全組閣時擔任農委會副主委。參與社會運動的經濟學者進入官場，可有哪些地方感到為難？原本從農民健康保險、職業災害保險，聊到明年要推出的農業退休制度，又講農委會1,400億元的預算如何規劃使用，一路滔滔不絕的陳吉仲，往嘴裡丟了一顆潤喉的柚子蔘，悶著不說話，像田邊的青蛙似的。
【我在官場巡田水2】戰友一一離開戰場 陳吉仲用專業直球對決
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他是農業經濟博士，研究論文皆登在一級期刊，是中興大學應用經濟系特聘教授，專業所學關注氣候變遷與糧食安全，以及開放貿易對農民的影響。自許知識分子該知行合一，多次參與社會運動，反國光石化、反核四，他站在環境這邊，發起學界連署；反服貿時，他是以數據辯論利弊的主力戰將；太陽花運動學生占領立法院的那晚，他也站在學生身後。
他曾幾度想辭職，但還是留了下來。前環保署副署長詹順貴是他的好友，二人從反國光石化運動熟識至今。「我們對於人都沒有太多的算計，彼此可以看到熱情，又有溝通的議題，所以相知相惜。」詹順貴說，當第3天然氣接收站要蓋在桃園，二人嘗試一起做與公民團體對話的橋梁，也不時對各類議題發表意見。「那時我們被賴清德警告，我在環保署，應該只談環評問題，他（陳吉仲）在農委會，應該談藻礁保育問題，其他不是我們掌控的就不要談。我們就很有意見，開會出來互相安慰。」
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