那時陳吉仲已騎一台野狼跑了許多鄉鎮做農業調查，自然也參加農民運動。去年520農運30週年，他談到當年旁觀的自己，忍不住哽咽提問：「農民有過得更好嗎？」那時他跟著農民一路遊行，從台北火車站走到現在的自由廣場，農民頭上的斗笠，與新落成的國家戲劇院和國家音樂廳，成為一種階級與貧富的對比，那場景他至今仍記憶深刻。
【我在官場巡田水番外篇】陳吉仲帶牙刷毛巾跟著學生佔領立院
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陳吉仲讀大學三年級時，是1988年，當時因政府重工輕農，又大舉開放國外農產品，衝擊農民生計，因此爆發520農民運動，大批農民集結台北車站，前往立法院抗議，在當時遭憲兵與警察鎮壓，視為暴民。
2000年在美國取得博士學位，回台後，陳吉仲在中興大學教書做研究，開始投入各類社會運動，反國光石化運動、反核四、反服貿都在他的辦公室發起學界連署，與社運團體關係緊密的他，擅長建立論述，以數據辯論。問他懷抱什麼理想投入？「我們念社會科學的，所有政策都要跟實務貼近。第一個，因為自己所學。第二個，我們讀經濟，本來就是要經世濟民，你不能在課堂上跟學生說你該怎麼做，而是要親自參與。」
他回憶反國光石化運動，「核心人物是蔡嘉揚，我2009年到美國去客座教授的時候，他一直跟我講，叫我趕快回來，因為這個戰役要開始了，回來之後，這也要感謝邱文彥（前行政院環境保護署副署長），他在一個環評會議裡的範疇界定，要求放入社會經濟成本的效益評估。」因此後續他才能以外部成本與業者辯論。「反國光石化那一戰，等到第五次環評會議，馬英九一直遲遲不宣布（否決），我們後來抗議隊伍快走到凱道的時候，他才宣布，那時開始下起雨，那場仗，真的很不容易。」
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