本刊調查，該廠興建時，「捷博」鐵定得標的傳聞滿天飛，後來果然是這家「中獎」，外界的質疑不是沒道理，因為環保署原本支持台南市興建的是技術門檻較高的「水洗式處理廠」，可是一億多元怎麼建得起來？
果然，標規要求十分低，只搞了一個「乾篩處理廠」，而捷博公司「剛好」只有乾篩處理的經驗。此外，蓋一個乾篩廠，哪有什麼創意與設計能力可以拚比，照理應該由環保局設計規格，大家來比價格，但該案卻採「最有利標」，雖不違法，卻有違常理。
詭異的是，該廠興建完工之後，還沒掛牌營運就傳出台南市環保局另外編列預算，要發包「擴廠」，將原本低階的乾篩處理廠「升級」為水洗處理廠，如此兩階段的運作，環保業界多數認為，是在「做球」給特定對象，也因此引起廉政署的關注。
事實上，該廠從招標初始，各種政治勢力介入傳聞不斷，最離譜的是，前代理局長林建三，竟然想引用「促參」（促進民間參與公共建設法），一次標出15年，引起外界高度關切，檢舉函滿天飛，為此，廉政署也傳訊廠商、官員多人。
一位公共工程委員會的官員指出，如果是BOT案，因為是廠商出錢興建，政府沒花半毛錢，頂多配合徵收土地，一次核發二、三十年的營運權，實屬正常，但既然是政府出錢蓋廠，廠商雙手空空進駐代為操作，官員卻大筆一揮，就給了十幾、二十年的營運權，則非常不合理。
以高雄市路竹區的焚化爐底渣處理廠為例，合約規定2+1，也就是先委外代操作2年，若廠商表現良好、能達成合約要求，沒有任何屢約爭議，則不再重新發包，直接再給1年的代操作權利，類似模式，近年來已成了環保界的慣例。
更啟人疑竇的是，當時市長賴清德任期剩沒幾天，李孟諺、林建三兩個代理的市長、局長，居然想把未來4任市長的發包權給侵奪了，這太不尋常，因為按照市政運作慣例，政權交接前3個月，重大人事案、重大標案，都會等待下一任市長裁決，而林建三的蠻幹引起議員的憤怒，在議會質詢時強烈批判，但林建三不為所動，最後因為檢廉磨刀霍霍，傳訊官員與廠商，終於逼得環保局打消一次委外15年的離譜標案，回歸正常。
