《妖怪人間》歷經兩組編劇團隊，籌備8個月。原案以3,700萬元製作10集，考量敘事節奏，將集數濃縮至8集，製作費也減少至2,800萬元。平均每集製作費只有350萬元，僅是一般4K時裝劇的預算，使製作費變得吃緊。
如何應付全劇五分之一的動畫視效？製作人張辰漁坦言：「初期預估太樂觀，做了才知道有超過2成的經費要用在視效，又不能降低拍攝質感。經費在拍攝期已全數用罄，公司還自行吸收後製視效的所有費用。」幸好有熟識的視效公司支持，馬毓廷也親自加入製作，大夥一起想辦法把成品做到最好。
窮則變、變則通，主場景「特殊住民協調處」辦公室，不像電影《MIB星際戰警》的星際特警總部酷炫，而是隱身停車場小倉庫的窮單位。馬毓廷笑說：「如果預算充足，想做科幻或賽博龐克都可以，但現實是我們很窮，於是決定把特民處的寒酸合理化，設計成政治鬥爭失勢的地方。」
