由於我國境外移入確診數連日攀升，指揮中心副指揮官陳宗彥18日於例行疫情記者會宣布，已與與華航及長榮2家國籍航空（簡稱國航）達成協議，並制定「國籍航空公司實施機組人員防疫健康管控措施作業原則」，希望在不影響航空業營運且依規定做好感染管控的原則之下，讓航空公司機組員可免列入需要居家檢疫的14天名單，維持航空業必須人力。
指揮官陳時中昨（25日）坦言國航公司相關防疫計畫上週才訂出，已請業者落實相關防疫計畫，不排除對未盡督導落實防疫的航空公司訂出懲罰辦法；至於導致業者未能落實的原因，可能還是要從官方與國航訂的《入（出）境航空器疑似傳染病旅客（含機組員）之處理作業建議原則》來了解。
針對空服員明明身在第一線可能會接觸確診者，卻無須強制遵循居家檢疫14天規則，有業界建議將願意執勤的空服員分成幾組，類似分流、分艙，並排出可以符合居家檢疫14天的班表，另外也可建立仿照撤僑專機規格，提供全套防護衣、外帶餐盒或單包裝飲品，使空服與乘客接觸機會降至最少。
對此，陳宗彥於今日的疫情記者會中指出，現有計畫是完整的，機上服務措施和排班都已包括在航空公司提出的計畫中，至於是否要將空服工作再做精簡或調整，未來可綜合考量、再做討論。
另外，有人爆料國航內部健康管控措施竟明確指出，員工在居家檢疫期間若需執行公司指派的公務及執行生活必要所需之活動，仍可以外出；對此，陳宗彥強調已要求2家國籍航空一定要立即修正規定，同時要求民航局務必落實督導。
