拒成為台大資產 引爆搶主機大戰
他也拒絕PTT的「成功」。2006年，PTT上站人數已突破5萬，仰賴台大網路多年的PTT站長群想正式成立社團法人，搬走主機，脫離台大。但彼時，交大學生簡志宇創立的「無名小站」被奇摩收購，賣出7億元天價，台大校方一度覺得有利可圖，想成立委員會接管，讓PTT成為學校資產，引發大戰。幾位站長連夜進入校園，欲把主機搬走。杜奕瑾那時人在美國，他回憶：「我當時跟校方說，PTT跟台大是父子關係不是從屬關係，我是你的兒子但不是你的財產，才會有點像是抗議的行動，找好贊助，如果要硬幹，我們就把機器搬走，這件事情後來也就落幕。」PTT續留台大。