蔡英文指出，在事故發生後，第一時間成立一級災害應變中心和前進指揮所，統整所有搶救事務。目前消防、警察、空勤等各單位都積極投入救難，也指示國軍來支援。另外，謝謝許多縣市派遣搜救隊趕赴花蓮。救難第一，也要請所有參與救難的同仁持續努力。
並表示會全力協助死傷者家屬，衛福部已啟動「大量傷病患緊急醫療救護機制」，各醫療院所正全力救治傷患。對於不幸罹難的乘客，也請相關單位務必全力協助家屬處理後事。且會在最短時間內調度搶修交通：連假東部運輸需求大，交通部會積極因應，透過各種方式協助接駁旅客、搶修鐵道。如果因此發生延誤，也希望旅客能體諒。
蔡英文也表示，將會徹查事故原因，嚴重事故造成多人傷亡、台鐵年輕駕駛殉職，國人都相當悲痛。已要求運安會嚴格進行事故調查，完整釐清事故原因後，向各界公開說明。在真相充分釐清前，也希望不要有過度的揣測或指控。祈願罹難者安息，傷者早日康復。
