更新：罹難者身分再下修為50人，在第6節車廂發現的遺體，經DNA比對，確認為48名經家屬完成指認身分的罹難者之一。目前仍有2具無名屍等待指認。
事發當晚，台鐵便召開記者會說明死亡人數約為51人，根據台鐵昨（3日）晚最新公布的死亡名單，已確認47名罹難者身分。花蓮地檢署檢察長俞秀端今（4日）早接受媒體訪問時表示，目前罹難者人數為48位，確認身分並經家屬指認的罹難者有40人，至於為何下修死亡人數，她解釋，先前因身分證件確認身分者有48人，完成指認只有40人，部分遺體還卡在第6節車廂下方及第4節車廂中，有部分遺骸因狀態不佳，家屬來往3趟，於今（4日）凌晨確認遺體身分。
俞秀端說，有不同遺骸經DNA比對確認屬於同一人，因此罹難者人數約在48位上下。不過她也指出，遺體屍塊是分裝送驗，目前收到來自法醫研究所19份、刑事局1份的檢體鑑定報告，不排除罹難人數可能再變動。 而經比對證實後，死亡人數在今中午定調為51人，其中已確認身分者為48人，受傷人數上則上調為200人。
台鐵初判，肇事原因是軌道上方工程車滑落，檢方調查後聲請羈押義祥工業社李姓負責人，不過稍早法院卻裁定李男50萬元交保，檢方憤怒表示將抗告。俞秀端也透過媒體喊話，她知道部分輕傷者已返家，不願提出傷害告訴，但她呼籲，傷者在6個月之內都能提出告訴。
