對於衛福部開設太魯閣號事件賑災專戶，國民黨前國健署長邱淑媞在臉書po文批評「誰又伺機發災難財？很明顯知道是人禍了，官署竟然還出來募款？打的，是什麼算盤？」，直指政府不會坐視，招標工程烏雲重重，出了事不必負責，還利用傷痛大玩民眾感情。邱淑媞說，這次明明是政府工程闖的禍，「為何不是立即負政治責任、究責廠商疏失與工程監督管理責任、招標有無黑幕等，而是叫大家捐款？很顯然是轉移焦點啊！」
此外，還有國民黨地方黨部的臉書社團以「葉匡時發文」的名義質疑，衛福部憑什麼成立捐款專戶，認為受傷民眾應由出事單位負擔醫療費用和賠償，更直指「如果還要像高雄氣爆事件一樣作一些虛報金額圖利特定人士的藝術紀念裝置的話，抱歉請自付，人民不再買單了！」
對於藍營人士的批評，台灣基進李雨蓁今（5日）在臉書po文一一回應，「衛福部憑什麼成立捐款帳戶？」其實是有法源根據的，因為《公益勸募條例》第四條就明訂：「中央主管機關為衛生福利部」，因此是由衛福部社會救助司來負責募捐款，「遇重大災害或國際救援時，不在此限（政府發起勸募）」。
其次，有人質疑已經有賠償管道，「衛福部要接受什麼捐款？會被政府拿去亂用？」李雨蓁拿高雄氣爆事件為例，表示有成立善款委員會，包含政府、學者、民間團體、受災戶代表，其中受災戶人數最多。實際運作上，由受災戶或各地民意提出意見，政府再籌劃實施細節，最後計劃案在善款委員會內由委員作裁決，也有受災戶代表見證，亦會找專家協助把關，「完全不是網軍抹的政府隨便濫用。」
對於有人提到「高雄氣爆虛報金額圖利特定人士」，李雨蓁指出，過去7年來審計單位調查都無問題，「不論馬政府、韓市府都查不出弊端。」就連監察院調查善款使用流向，最後結論也是「並無不法」。她認為，每當有政治攻防，總有某些中國黨派要拿氣爆出來談，目的就是要「改寫群眾認知」。
另外，對於「葉匡時轉發文章」質疑一事，李雨蓁也說，韓粉已經自行澄清並無此事，「沒有這篇」文章，疑似網軍假借名人名義增加散播率。
李雨蓁說，自昨天開始，網軍以在各社群網路、PTT洗版捐款活動，想要塑造「政府開捐款搞貪汙」，或帶「高雄氣爆善款濫用」等假消息風向。她更發現，其中很多是沒頭貼、點進去沒動態的假帳號，更有許多來自境外帳號。她認為現在全國齊心救災，但外有敵國機艦逼近，內部還有假消息流竄，呼籲大家一起反擊這些惡意的攻擊。
事實上，對於各界對捐款專戶的質疑，總統蔡英文已表明，「所有的賠償支出，都不會來自愛心捐款。」衛福部長陳時中也說，「考量罹難者遺屬、傷者及家庭均受到極大的身心創傷與生活衝擊，捐款會用在後續所生醫療、復健、經濟支持及社會重建等相關費用。」
