目前台鐵出軌事故的肇事原因，根據李義祥和阿好的證詞作初步釐清，是李義祥當天想到工地違法開工、處理廢棄輪胎，並帶上非法移工阿好一起，因為工程車卡進樹叢，李義祥遂另外駕駛怪手想將工程車拉出，怎料不幸推下山坡。而事發後李義祥本想叫阿好下去揮手攔火車，但眼見憾事已無法阻擋，才讓阿好騎機車逃逸。
不過，日前卻又有傳聞指出，其實當時駕駛怪手的不是李義祥而是阿好，阿好也確實有去揮手試圖阻擋火車；且不少人發現運安會當初公布的紀錄器畫面明顯偏左、沒有照到右側山坡，昨運安會主委楊宏智也證實畫面確有改動，已經將裁切掉的畫面交給花檢。
而根據《蘋果日報》報導，其實花檢和運安會似乎還互看不順眼，由於6日運安會下午要召開記者會前知會花檢，花檢擔心會妨礙調查，要求運安會不得公布有人影的畫面，因此運安會才會將畫面裁切掉。
不過運安會內部人士透露，當初運安會派出21人赴事故現場，好不容易在血水中找到行車紀錄器記憶卡，4日就在工寮播給花檢看，花檢早就掌握完整畫面，知道工地不只李義祥1人，知悉操作工程車與怪手的人是誰，甚至紀錄器也有拍到右側邊坡上有人向列車揮手示警，但花檢卻遲遲到7日才向法院申請聲押阿好，讓運安會不滿花檢「動作太慢」。
此外，運安會也認為花檢沒有在第一時間羈押嫌犯，讓李義祥和阿好有時間串供，留在工地的工程車、怪手與工寮更沒有拉封鎖線，種種作為導致民間都不相信司法。不過另一方面，花檢似乎也不滿楊宏智連日來揭露辦案調查資訊，認為被踩到紅線，早先也喊話運安會「別公開核心事務」。
然而對於外傳的不合，運安會今（15日）澄清指和花檢「溝通無礙」、彼此分工，運安會副主委許悅玲就表示，運安會與花檢分別都有在調查、只是方向不同，並沒有存在誤會。對於裁切畫面原因，許悅玲則稱是為了不妨礙檢調偵辦，並否認有陰謀論存在，至於未裁切畫面到底何時公布，許悅玲則表示還要再跟花檢討論。
