藻礁公投以保護環境為訴求，在連署階段獲得不少環保團體大力支持，但在公投成案後，經濟部也釋出善意，以三接再外推方案來回應相關訴求，盼在顧及環境生態同時也能兼顧能源轉型的需求，讓許多過去有所質疑的環保團體表示肯定，甚至還有學者因此轉而擔任反方代表；此外，領銜人潘忠政在宣傳過程中，愈向國民黨陣營靠攏，引發爭議，先後有多個環保團體發出聲明與潘切割，就連大力倡議連署的「地球公民基金會」，也轉向宣布「不同意」藻礁公投。
台灣環境保護聯盟今也公開宣布他們對於藻礁公投一案的主張，他們認同經濟部今年5月推出的三接再外推方案，意即「不填地不浚挖、防波堤外推到離岸1.2公里、輸氣管架高以棧橋連通」的做法。台灣環盟強調，他們也護藻礁、愛藻礁，而他們認為，再外推方案是兩者兼顧，且據時程、技術、效益可行性的方案，因此呼籲民眾投下「不同意」票。
台灣環盟表示，藻礁生態系是有生命力、韌性及復原力的，實證上，觀塘藻礁已有7,000年歷史，這過程中也不免有來自大自然的侵擾和衝擊，這證明了他是有忍受及復原能力。他們認為，今天要談保護觀塘藻礁，也應該從整體、大範圍的和長期、大時間尺度的方向來做，而非一時的、局部的，最好要有專責單位及基金預算來進行，而對於大潭藻礁的保護，到目前為止都是肯定的。若公投引起大家對藻礁的關注，他們認為大家更應該關心台灣的海岸保護、保育。
台灣環盟說，就環評來看，當然是要以環境面為主，但同時也要兼顧可行性和經濟效益，例如對台灣的供電量、南北區位平衡等，今天要公投的對象是大潭三接開發案，但也要持續關切未來供電、能源轉型的問題。
本次聲明中，他們除了表態呼籲「不同意」藻礁公投，也重申「不同意」核四重啟案；台灣環盟希望，環團和各方不必因為立場不同而留下不愉快，反而需要更進一步合作，來為台灣海岸的保護、保育努力，「這是台灣民主制度的功能，這就是台灣的民間活力的展現。」
