2007年3月2日深夜，黃清波由周姓女友開車載至關廟休息站後，與陳女在停車場碰面，再由他開著陳女的車前往花蓮。黃之前曾住過南投縣國姓鄉，熟悉南投經合歡山至花蓮的路況，出發前，他早已預謀將安眠藥加入飲料中，讓陳女喝下昏睡，再趁機予以殺害，同時也事先選定隱密的山區路段作為棄屍及棄車地點。
隔天凌晨2點多，黃清波開車抵達合歡山區時，陳女已因藥效陷入昏迷，黃見狀趁機將她殺死，並繼續把車開到事先選定的隧道口前150公尺處，將屍體丟下懸崖，隨後開車前往南投仁愛鄉昆陽休息站，與前來接應的周姓女友會合。
黃清波前往昆陽休息站途中，陸續將陳女放在車內的鐵鞋、柺杖、輪椅丟棄在路旁山谷，與周女會合後，又將陳女的汽車開往沒有護欄的偏僻山路。黃把車停在路邊後，拿走裝有陳女證件的行李袋，接著卸下車牌，最後站在車外，將手伸入車內鬆開排檔及手煞車，讓車衝落200公尺深的山谷，再與周姓女友開車返回台南。
陳女外出後遲未返家，也沒聯繫家人，家人十分擔心，但打她手機都不通，最後由妹妹出面向屏東縣警局內埔分局報案協尋。警方調出陳女的手機通聯紀錄，認為黃清波涉嫌重大，將他約談到案，但黃只坦承有聯繫過前妻，其他一問三不知。由於缺乏直接證據，警方只能放人，並繼續蒐證。
直到同年4月，警方調出關廟休息站的監視器畫面，黃才坦承載陳女出遊，並企圖下藥，但未成功迷昏，還堅稱是她坐在路邊護欄看風景不小心墜崖死亡，他因害怕才將陳女的東西沿路丟棄，並讓車衝下山谷。
