林智堅去年6月請辭新竹市長，宣布要投入桃園市長選舉後，遭國民黨陣營指控其在中華大學的碩士論文內容，涉嫌抄襲新竹科學園區委託中華大學辦理的研究標案期末報告。林智堅回應表示，他也有參與該竹科委託研究案，且該報告署名作者也出面為他背書。
然而藍營仍向校方提出檢舉，8月學倫會認定抄襲情節重大，撤銷林智堅的碩士學位，在此前台大國發所也做出同樣決定。林智堅強調，他要捍衛自己的清白，專心準備提出訴願等救濟行動，因此退出選戰。如今傳出，他向教育部提出「不服中華大學撤銷學位之處分訴願案」，已遭教育部駁回。
教育部訴願決定書指出，「本件原處分之程序及判斷並無違法或不當情事」，審議委員會依據事實，認定林智堅有違反學術倫理之抄襲行為，其主要原因包含，林智堅在論文中完全沒有提及竹科研究報告，對論文撰寫的啟示、啟發，構成「利用他人想法、方法而未加註明」的抄襲行為。
其次，林智堅並非該報告書之（主要）執筆人，他的論文包含參考文獻在內，除第1章第3節、第4節（約1頁）、第2章第1節至第4節（約4頁）、第6章第2節建議（約4行），以及用「某」（或「該」）來替代外，其餘內文文字敘述（部分敘述順序有所差異）、圖表及數據等，幾乎與竹科報告書完全雷同；其行為構成「利用他人所寫文字而未加以註明或企圖令人誤以為其為訴願人本身所撰寫」之抄襲行為。
第三點，林的論文第2章第1節至第4節（約4頁）內容敘述 ，與論文撰寫前已公開發表的94年品質月刊論文第52頁「二、國家顧客滿意指標的由來」以下至第54頁部分內容敘述幾乎完全一致，已構成「利用他人所寫文字而未加以註明或企圖令人誤以為其為訴願人本身所撰寫」的抄襲行為。
審議委員會決議，本案違反情節重大，且林智堅在調查過程中並未展現誠信配合本案調查，因此建議學校依規定撤銷其碩士學位。教育部認為，林智堅所稱原處分沒有說明抄襲情節的主張尚不足採，認為本件原處分應予維持，「據上論結，本件訴願為無理由」，予以駁回。
媒體人黃揚明也在臉書分享此一訊息，他表示林智堅的清白戰場吞首敗，但該案仍可打行政訴訟，至於台大的部份還無結果。
