紅然創辦人暨藝術總監黃維韶透露，《迷宮書店》製作過程遇到的困難不少。首先它是文學的轉譯，尤其詩的渲染力很強，文字精簡，必須在保留文學作品的精神下打造視覺。另外，這次的創作形式與傳統劇場不同，如何導入科技模式之後仍保留作品的優點，並不容易，「加入科技容易，但是讓科技去展現創作本身，這件事是困難的。」
例如背景的轉換節奏和走位與傳統舞台不同，必須依靠技術去完成。為此他們建立了一套系統，讓現場的舞台監督可以控制背景轉換。但是演員演出時不僅要理解劇本和導演指示，還要弄清楚每個場景畫面轉換的意涵為何，或者要搭配什麼音效，才能投入更多情緒，這過程便需要很多時間磨合。
魔術方塊的場域配備7.1聲道的環繞式音響，且每顆喇叭發出的聲音可以單獨控制。因此陳建騏創作時會針對演出所需，一一調整每顆喇叭。為此他得事先看過演出，再調整聲音。
黃維韶強調：「製作過程中，聲音和視覺都不能強過戲劇的表演，這是我們要一直減弱的地方。否則要我們做出像電影般絢麗的特效很容易，但特效這麼強，演員就不見了。」
執導這齣舞台劇的困難為何？黃維韶認為，比較難的應該是對白。「因為對白都是詩句，羅智成希望演員把台詞背下來。不但字數多，還不能錯。詩句是精雕細琢，演員必須一字不差地念出來，這本來就有難度。演員背了之後，要理解詩的情感再去表現，那又是另一個難度。因此在這方面，羅智成應該覺得很困難。」
此外，一般舞台劇從排練到演出需時約1年，不過《迷宮書店》為了與文策院合作，演出時間有提早。雖然視覺概念與設計已經做得差不多，演員排練的時間卻很短，從選角到演出只花了約3個月，「因此導演的壓力也會比較大。」
