有媒體報導指出，不具名的民間蛋品業界人士表示，年初蛋荒嚴重時，農業部（當時為農委會）開放12國雞蛋短期專案進口，讓民間業者也能自行進口，因此有中盤蛋商聯合湊貨櫃，像團購一樣向國外買蛋，湊了150個貨櫃、約6千萬顆雞蛋進口。這些蛋3月下單、5月後才到貨，也因此導致農業部的專案進口蛋過量，否則農業部的估算數字非常精準。
陳駿季今（11日）上午赴立法院報告備詢前，被問及農業部報廢5千萬顆雞蛋是否與民間自行進口雞蛋6千萬顆有關，他說明，農業部報廢過期雞蛋的原因不完全是因為這樣，民間自行進口的6千萬顆蛋也會進到加工、洗選，釋出到民生市場。他解釋，政府專案進口雞蛋，建置安全庫存，主要是為了調節國內市場需求，如果供應足夠，這些蛋就不會釋出，否則會影響蛋價，強調農業部的職責是為了保護國內的雞蛋產業。
陳駿季提到，雞蛋的供應會受氣候、禽流感等不確定因素影響，為了讓消費者有充足雞蛋，維持庫存量是必要的，而過期的就必須報廢，這是最後不得已的手段，即期的蛋品會先盡可能轉加工製成蛋液，能保存1至2年。未來庫存量會維持在基本水位，盡量避免過期雞蛋報廢。
在立法院經濟委員會中，陳駿季也向立委表示，安全庫存量不一定要由政府來做，未來也將評估透過關稅調整，讓貿易商自行進口，目前貿易的通路也已經打開，民間有能力進口，將持續朝這方面規劃。
