《鄰人Ｘ：謎樣的女子》故事描述日本政府決定接收來自外星的難民X，在社會上掀起恐慌，因外星難民到了地球會複製人類外表存活，難以辨識。週刊記者笹憲太郎（林遣都飾）積極搶下報導機會，並鎖定柏木良子（上野樹里飾）和台灣留學生蓮（黃姵嘉飾）可能就是難民X而開始接近兩人。
電影版沿用小說的故事設定，但登場人物做了大幅調整，上野樹里飾演的女主角設定改為36歲的女性，林遣都飾演的八卦週刊記者，皆是電影的原創角色，而原著中的越南留學生則變成台灣留學生。
熊澤指出，在日本年齡介於30歲中段的女性，很容易被周遭的人以有色眼鏡放大檢視。「工作、結婚生子、父母高齡等，30多歲的女性有很多被拿出來討論的議題，設定這樣年紀的女性為主角，可以寫出更深入的故事。」
他在確認大方向後便寫下故事大綱提供給原著小說家Ayako Pallus，他指出：「這樣的調整的確是比較敏感，因為有些作家會希望不要有太大變動，而我的提案是要重新構築角色，與她溝通後，她告知沒問題我們才繼續作業。劇本初稿完成後也有提供給她，做了多次的溝通。」
