柯文哲上午受訪表示，民眾黨規定是選舉補助款1/3歸中央黨部、2/3則歸個人，並參考其他各黨總統候選人的例子，設置個人辦公室要長期使用。
民眾黨立法院黨團主任陳智菡幫忙解釋，稱政黨結餘款分為兩筆，一筆是政治獻金，一筆是個人補助款，後者供候選人使用支配，而在民眾黨黨章，以及柯文哲本人過去都曾多次說明，會把大部分個人補助款分給黨務使用，希望外界別再混淆。
不過對於民眾黨說法，國民黨透過發言人楊智伃回應，表示國民黨財務拮据，過往總統選補助款皆用於黨務支出，以及支付黨工薪水。繼前總統蔡英文的辦公室澄清未曾使用選舉補助款置產後，再度打臉民眾黨。
2024總統大選結束後，民進黨賴清德、國民黨侯友宜、民眾黨柯文哲分別獲得1.6億元、1.4億元與1.1億元選舉補助款。賴清德將款項分為3等分，除回捐黨內，還用於做公益、照顧創黨黨員及資助年輕黨工；侯友宜則全部回捐黨內，交由黨中央規畫使用。柯文哲方面，若依他所述2/3歸他個人，將獲得約7,380萬元。
