30日清晨7時，檢察官持搜索票到柯文哲位於金山南路的住處進行搜查，隨後柯文哲與其妻陳佩琪、前台北市副市長彭振聲及其妻謝夏喬等人被約談。經過長達近19小時的調查，柯文哲於31日凌晨0時30分被移送至北檢複訊，並在凌晨2時許因拒絕夜間偵訊而遭當庭逮捕。檢察官表示，逮捕的原因包括柯文哲涉嫌重大且有勾串證人之虞，若未完成訊問程序，可能會對偵查造成困難。
民眾黨對此表示，柯文哲全力配合調查並已接受長時間的訊問。民眾黨緊急應變小組指出，柯文哲主張拒絕夜間訊問是基於對自身權益的考量，並呼籲法院在提審過程中應審慎檢視逮捕程序的合法性，以確保柯文哲的權益得到保障。
柯文哲律師鄭深元回應，柯文哲無法接受夜間訊問，因此主張拒絕夜間偵訊。檢察官認為不能讓柯文哲離開，所以當庭諭知逮捕柯文哲，律師向台北地方法院聲請提審，由法官確認檢察官當庭逮捕的程序是否合法。等待法官開庭期間，柯文哲目前暫留北檢拘留室。
