陳佩琪今針對619萬元財產來源不明部分，也指出2016年至今主要使用的5大金流共1,628萬餘元由他經手入帳，強調資金來源清白，知情人士指出，檢廉是在清查柯文哲與陳佩琪夫婦歷年薪資、稿費、演講費等收入後，發現有這619萬餘元來源不明，並非認為陳佩琪經手的錢全部有問題。
陳佩琪今提出由她經手入帳的主要5大金流首先是來自媽媽帳戶，她從2017年到2024年，一共提535萬元，第二是陳佩琪自己的薪資帳戶加上過去的存款528萬，第三是柯文哲2018年選舉結餘230萬及柯文哲過去當醫生時的薪資存款171萬，第四是2023年柯文哲演講、通告費60餘萬，第五是約100萬元左右，這主要是少量車馬費、出席費及親友紅包。但這五大金流和ATM存款時間及金額仍兜不攏，並無法合理解釋ATM存款現金就是來自這五大金流，尤其第一筆金流橫跨七年，ATM存款都集中在2020年及2023年兩個時間，時間點也不對。
檢廉查出，陳佩琪在約8個多月的時間，密集用ATM存款逾60次共619萬餘元，陳佩琪第一階段ATM存款是在2020年3月10日至4月14日的35天內存了逾10次共157萬餘元，第二階段是2023年10月至今年5月7個月多的時間分逾40餘次存了462萬餘元，這階段每個月約存7次。
陳佩琪的ATM存錢行為，第一階段是在台北市議員應曉薇針對京華城容積案與柯文哲便當會後，第二階段則是在京華成容積率確定為840%發照及柯文哲與沈慶京單獨見面後，由於沈慶京在二階段共編列4億餘元論功行賞，陳佩琪在此二個關鍵時間點都密集拿著現鈔存進自己及長子柯傅堯、長女柯傅蓉、次女柯傅瑄3名子女的帳戶，因此遭調查。
陳佩琪8月30日在接受偵訊時指出，是將現金累積到10萬元或近10萬元再拿去存，對於資金來源她4度翻供，先說是柯文哲的稿費，又說民眾捐的選舉經費、小孩壓歲錢，最後才說是媽媽帳戶裡的錢，為了不要讓錢變成遺產所以領現金，說法一變再變，至今仍講不清楚，檢廉認為柯文哲有不明來源財產，因此懷疑陳佩琪恐有替柯文哲處理不明資金、製造資金來源斷點，涉及洗錢罪之嫌，正清查這619萬餘元的資金來源。
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