農業金庫於2005年成立，是國內唯一集農業專業銀行與商業銀行業務於一體的特許金融機構，股權結構有4成1是泛公股，其餘5成8為泛農漁會體系；其中，5席獨立董事皆由農業部推薦，引來藍營質疑，泛農漁會體系股權近6成，卻無法擁有獨董推薦權利，極度不合理，要求農業部修法。民眾黨立委張啓楷調閱資料，追查農業金庫核貸給畜產會過程，是否藏弊端。
本刊調查，藍營不只猛攻農業金庫監督瑕疵，包括去年放貸10億元給畜產會買進口蛋，畜產會提供擔保卻僅有5成；另也情蒐農業金庫實際虧損，要以實據財報數據，凸顯相關缺失。
像是截至今年9月為止，農業金庫虧損達35億元，農業部長陳駿季答詢時也證實，農業金庫今年底虧損將達54億。藍營更進一步抓出，對比去年（2023年）與今年前3季全國各家銀行損益統計，包括國內283家農會信用部盈餘，農業金庫不僅倒數第一，更是唯一一家虧損的銀行，獨董卻未介入，監督機制明顯失衡。
藍委主張農業金庫應依《公司法》規定，只要擁有1%股權即可提名董事，但遭陳駿季打槍，認為將造成經營權之爭，「會變成國家的災難。」
「基層農會只是希望有獨董提名權而已。」一北部不願具名農會體系幹部不滿指出，農業金庫作為農漁會信用部的監理單位，這幾年卻都在賠錢，怎麼好意思輔導農漁會信用部？反觀各信用部都在賺錢，農業金融署本身內部監督卻失能，倘若1、2個獨立董事的提名權就變國家災難，「那不就代表現在農業金庫已病入膏肓？」
該人士進一步舉例，持有農業金庫1%以上股權的地區農會，目前一共有6家，包括新北板橋區、樹林區、蘆洲區農會，以及台中市大里區農會、南投縣草屯鎮農會、雲林縣斗南鎮農會，並非農業部所聲稱的，會掀起經營權之爭。
國民黨為農業金庫與農業部僵持不下，本刊調查，面對藍營揚言刪預算，農業部祭出反制行動，找上藍委選區內的農會幹部進行遊說；由於農會在地方具有組織動員量能，且農漁民眾多牽動選票，農業部要藉此壓制藍委，把凍、刪預算改成用主決議來處理，盼把衝擊降到最低。
