勞動部發布調查報告，指出長榮航空有4缺失，包含「過度運用勤惰管理制度」嚴重影響組員申請病假、對於組員於值勤期間突發疾病的緊急應對與處置作業規範不夠周詳且未能落實、家屬及部分組員表達孫員抵台後處境未獲最適當處置、孫員的國定假日調移日期未明確。
而長榮航空也表示自事件發生以來，積極調查並以最快速度落實各項改善措施，針對勞動部調查報告所指出之制度上未臻合理之處，公司亦將積極配合並迅速完成檢討與調整。對於勞動部調查報告結論，長榮航空兩點回應如下：
一、針對出勤規範與考評制度，長榮航空在蒐集各界意見後，已在日前做出調整，發布前亦遵循勞動部建議與工會溝通。後續法規若有所更動，長榮航空將會配合修訂，以確保公司制度符合相關規範的要求。
二、針對機上執勤規範未臻清楚之處，公司亦已在事件調查後修訂手冊內容，並透過加強宣導以及納入訓練課程等方式，確保空勤組員充分理解與確實遵循規範內容。長期以來，組員手冊皆持續滾動式檢討不足之處，以訂定得更加清楚明確，利於空勤組員遵循。
三、針對勞動部表示空勤組員的國定假日挪移有違法疑慮，桃市府已來函請公司說明，公司將再向主管機關陳述相關法規適用情形，以釐清適法性問題。
